На Тип 99 комбинированная бронезащита лобовой проекции танка усилена за счет установки встроенной динамической защиты, расположенной поверх основного бронирования. Кроме того, дополнительно защищена кормовая ниша башни, посредством установки ДЗ на решетчатую корзину. Подобную схему бронирования можно было также увидеть на модернизированном танке Тип 96 и пакистанском ?Аль-Халид?
Как и прототип Тип 98, танк Тип 99 оснащён интегрированным лазерным комплексом активного противодействия JD-3, состоящего из встроенного лазерного дальномера, датчика предупреждения о лазерном облучении LRW и боевого квантового генератора LSDW.
При получении сигнала об облучении танка лазерным лучом противника, система предупреждения вырабатывает сигнал на поворот башни в сторону обнаруженного источника, затем включается лазерный луч слабой мощности, определяющий точное местонахождение цели, после чего мощность луча мгновенно возрастает до критического уровня и выводит из строя оптические средства или органы зрения оператора противника.
JD-3 является ослепляющим лазерным оружием. Но оно не подпадает под протокол IV к Конвенции о конкретных видах обычного оружия от 13 октября 1995 года.