Несколько крупных высокогорных озер расположены в центральной, южной, западной и северо-западной частях провинции Юньнань, в городах Куньмин, Юйси, области Дали, городе Лицзян и области Хунхэ. Озера Дяньчи, Чэнхай и Лугуху относятся к речной системе Янцзы, озера Фусянь, Цилуху, Илунху, Синъюньху и Янцзунхай принадлежат речной системе Чжуцзян, а Эрхай – к речной системе Ланьцанцзян.
В провинции Юньнань очень много рек, самыми известными являются Нуцзян, Ланьцанцзян и Цзиньшацзян, которые окружены четырьмя горами и текут в южном направлении. Геоморфологическое чудо природы впечатляет людей. Реки Дулунцзян, Даинцзян и южное течение реки Жуйлицзян являются истоками и важными притоками реки Иравади в Мьянме.